{"id":301,"date":"2010-07-03T15:44:02","date_gmt":"2010-07-03T14:44:02","guid":{"rendered":"http:\/\/www.listephoenix.com\/?p=301"},"modified":"2013-07-31T16:51:34","modified_gmt":"2013-07-31T15:51:34","slug":"liste-phoenix-juin-2010","status":"publish","type":"post","link":"http:\/\/www.listephoenix.com\/?p=301","title":{"rendered":"LISTE PHOENIX JUIN 2010"},"content":{"rendered":"
\"Logo<\/span><\/span><\/div>\n
La campagne Phoenix du mois de juin 2010, conduite à Sanremo (Italie), a porté sur le suivi phénologique de l'échantillon de palmiers et sur l'aménagement du jardin expérimental de Bordighera. Elle a aussi vu le démarrage de la seconde phase du projet SPIR. La lettre Phoenix de ce mois est consacrée à une présentation détaillée de ce projet.<\/span><\/span><\/strong><\/div>\n
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{tab=PALM-SPIR}<\/p>\n

PROJET PALM-SPIR (Spectrométrie Proche Infra Rouge)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
\"spir<\/span><\/span><\/div>\n
De : Flavie BIDEL (Université de Metz)<\/span><\/span><\/div>\n
Objet<\/u> : Développement d’un outil de phénotypage intra- et interspécifique dans le genre Phoenix<\/em> (Arecaceae) par spectrométrie proche infrarouge (SPIR) sur échantillons de poudres de feuilles.<\/strong><\/span><\/span><\/div>\n
Cette recherche vise à mettre au point des méthodes de phénotypage rapides et peu coûteuses, destinées à diminuer le coût en temps et en argent que demandent les méthodes de caractérisation moléculaire. Dans cette optique, l’utilisation de la spectrophotométrie proche infrarouge (SPIR) a été testée sur des échantillons de poudre de feuilles de palmiers appartenant au genre Phoenix<\/em>. L’hypothèse de départ est que le spectre intègre une grande partie de l’information biochimique et qu’il peut ainsi être considéré comme une « empreinte digitale ».<\/span><\/span><\/div>\n
Partenariat<\/u> : IRD \/ CRA-FSO \/ CSRP<\/strong><\/span><\/span><\/div>\n
Le Centro Studi e Ricerche per le Palme de Sanremo (CSRP) finance et coordonne ce projet, dont Jean-Christophe PINTAUD (IRD-Montpellier) assure la direction scientifique, en collaboration avec Benoit BERTRAND et Fabrice DAVRIEUX (CIRAD-Montpellier), Antonio MERCURI et Marco BALLARDINI (CRA-FSO, Sanremo). Flavie BIDEL (Université de Metz) a publié les premiers résultats de la recherche dans le cadre d’un mémoire de stage. Elle effectue à présent un nouveau stage au cours de l’été (en juin à Sanremo et en juillet à Montpellier), afin de finaliser le protocole.<\/span><\/span><\/div>\n

{tab=PHASE 1}<\/p>\n

SPIR Phase 1 (compte-rendu de l’approche exploratoire)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
\"spir<\/span><\/span><\/div>\n
Un total de 98 spectres ont été acquis en 2009 et des études au niveau intraspécifique (33 individus de Phoenix dactylifera<\/em>) et interspécifique (6 espèces) ont pu être réalisées. Par l’intermédiaire de tests statistiques, il a pu être montré qu’il est préférable de ne prendre en compte que le proche infrarouge (1100-2500 nm), à l’exclusion du spectre visible.<\/span><\/span><\/div>\n
Au niveau intraspécifique<\/strong>, les résultats ont montré que les distances euclidiennes au carré entre individus obtenues ne sont pas corrélées aux distances génétiques calculées entre ces mêmes individus à partir de données de génotypage microsatellite. De plus, des spectres différents ont été obtenus à partir des échantillons récoltés en 2008 et en 2009 pour un même individu, indiquant que la variation des facteurs environnementaux surpasse le signal lié à l’origine génétique. Il a par contre été montré que les études peuvent être réalisées aussi bien sur des feuilles jeunes que matures, du moment que l’on ait un même degré de maturité pour tous les échantillons.<\/span><\/span><\/div>\n
Au niveau interspécifique<\/strong>, deux méthodes ont été essayées : les méthodes non supervisées (ACP et CAH) qui ont montrés des représentations peu cohérentes avec uniquement un regroupement entre espèces méditerranéennes sclérophylles (P. canariensis<\/em>, P. dactylifera<\/em>, P. theophrasti<\/em>) versus tropicales leptophylles (P. reclinata<\/em>, P. roebelenii<\/em>, P. rupicola<\/em>), et les méthodes supervisées (AFD et analyse canonique), qui ont correctement circonscrit les six espèces étudiées.<\/span><\/span><\/div>\n
En conclusion<\/strong>, il est apparu que le phénotypage par SPIR était prometteur pour identifier des espèces du genre Phoenix<\/em>, et probablement aussi leurs hybrides, mais pas pour détecter de structuration génétique fine au niveau intraspecifique. Afin d’optimiser les performances de la méthode, il est nécessaire de minimiser la variation environnementale, c’est-à-dire de collecter des échantillons de même nature, simultanément, et dans des conditions écologiques homogènes. <\/span><\/span><\/div>\n

{tab=PHASE 2}<\/p>\n

SPIR Phase 2 (élaboration d’un protocole d’échantillonnage)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
\"spirbroyage\"<\/span><\/span><\/div>\n
Cette année l'étude comprend 150 échantillons dont voici la composition:<\/span><\/span><\/div>\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n
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SANREMO, Italie<\/strong><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
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Tot. 89 <\/strong><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
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P. roebelenii<\/em><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
20<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
P. theophrasti<\/em><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
9<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
P. reclinata<\/em><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
15<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
P. dactylifera<\/em><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
15<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
P. canariensis<\/em><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
15<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
Hybrides<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
15<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n
Echantillonage uniquement de feuilles matures sur deux jours (réalisé les 11 et 12 mai 2010 par le CRSP et la CRA-FSO) afin de minimiser la variation environnementale.<\/span><\/span><\/div>\n
Afin de vérifier la répétabilité de la SPIR, des clones cultivés sur de l’île de Porquerolles ont également été inclus à l’étude : 10 individus échantillonnés le 25 mai 2009 (feuille jeune et feuille mature) pour deux variétés : Bousthami<\/em> et Thori. <\/em>Enfin, dans un but exploratoire, des échantillons P. dactylifera <\/em>provenant de divers cultivars des USA ont également été ajoutés à l’étude.<\/em><\/span><\/span><\/div>\n\n\n\n\n\n\n
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PORQUEROLLE, France<\/strong><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
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Tot. 40<\/strong><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
 <\/div>\n<\/td>\n
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 <\/div>\n<\/td>\n
\n
 <\/div>\n<\/td>\n
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 <\/div>\n<\/td>\n
\n
 <\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
P. dactylifera<\/em>cultivar Boustami<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
20<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
10 feuilles jeunes + 10 feuilles matures<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
\n
P. dactylifera<\/em>cultivar Thori<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
20<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
10 feuilles jeunes + 10 feuilles matures<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n<\/tr>\n
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Echantillons USA<\/strong><\/span><\/span><\/div>\n
(P. dactylifera<\/em> provenant de divers cultivar)<\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
\n
 <\/div>\n
Tot. 21<\/strong><\/span><\/span><\/div>\n<\/td>\n
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 <\/div>\n<\/td>\n
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 <\/div>\n<\/td>\n
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 <\/div>\n<\/td>\n
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 <\/div>\n<\/td>\n
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Ces échantillons sont liophilisés et broyés en fine poudre pour être ensuite analysés en SPIR (Spectrométrie Proche Infra Rouge). L'ensemble des spectres obtenus sont ensuite traités par des méthodes statistiques non supervisées (Sans à priori) et supervisées (Avec à priori). Ces analyses vont être réalisées avec l'aide de Benoit Bertrand et Fabrice Davrieux du CIRAD. En isolant les longueurs d'ondes intégrant les variations génétiques et en retirant les longueurs d'ondes intégrant les variations environnementales ont espère que la SPIR permettra de distinguer les espèces (au vu des résultats de l'année dernière) mais surtout distinguer les différents hybrides.<\/span><\/span><\/p>\n

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\"spir<\/span><\/span><\/div>\n

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{tab=PHASE 3}
\n\t\tSPIR Phase 3 (échantillonnage in situ)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/p>\n

\"Spectrom\u00e8tre<\/span><\/span><\/div>\n
Si tout se passe bien, la dernière phase du projet conduira à mettre au point un scanner portable permettant un travail d’identification in-situ. Il sera expérimenté dans les espaces Verts de la Ville de Sanremo, qui finance et coordonne ce projet.<\/span><\/span><\/div>\n
La ville de Sanremo est déjà en pointe au niveau de l’élagage des palmiers, avec la diffusion de la technique de la «bicyclette». Elle est aussi le siège du Projet italien DIPROPALM, qui coordonne au niveau national la lutte contre le ravageur du palmier, Rhynchophorus ferrugineus<\/em>. Cette nouvelle initiative est susceptible d’intéresser les jardins botaniques et les producteurs de palmes en général.<\/span><\/span><\/div>\n
Au travers de son soutien à ce projet, le CSRP souhaite affirmer sa vocation à développer la recherche expérimentale en matière de phéniciculture, dans le souci de contribuer à la mise en valeur du riche patrimoine paysager de ses espaces verts, emblème touristique de l’ensemble de la région.<\/span><\/span><\/div>\n

{\/tabs}<\/p>\n

Version pdf<\/strong> : BIDEL <\/strong>Flavie, 2010<\/strong>. Développement d’un outil de phénotypage intra et interspécifique dans le genre Phoenix (Arecaceae) par spectrométrie proche infrarouge (SPIR) sur échantillons de poudres de feuilles. Link: BIDEL 2010 SPIR<\/a><\/span><\/span><\/div>\n
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La liste phœnix rend compte de l'état d'avancement du Projet Phœnix, relatif à l'agro-bio-diversité des palmiers. Elle est adressée chaque mois, depuis septembre 2007, à une centaine de chercheurs. Coordonateur: Robert Castellana. Contact: passions.vegetales@laposte.net<\/a><\/span><\/span><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

La campagne Phoenix du mois de juin 2010, conduite à Sanremo (Italie), a porté sur le suivi phénologique de l'échantillon de palmiers et sur l'aménagement du jardin expérimental de…<\/p>\n

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