{"id":5060,"date":"2013-02-22T23:10:20","date_gmt":"2013-02-22T22:10:20","guid":{"rendered":"http:\/\/www.listephoenix.com\/?p=5060"},"modified":"2013-07-31T16:46:39","modified_gmt":"2013-07-31T15:46:39","slug":"news-letter-fevrier-2013","status":"publish","type":"post","link":"http:\/\/www.listephoenix.com\/?p=5060","title":{"rendered":"NEWS LETTER FEVRIER 2013"},"content":{"rendered":"
NEWS FROM PALM NETWORKS<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
LES RECHERCHES EN COURS AUPRES DE L’UMR DIADE (IRD)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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Répartition des implantations de l'IRD dans le monde<\/span><\/div>\n
Au cours des dernières années, les recherches relatives aux palmiers ont connu d’importants développements universitaires, sous l’impulsion des collaborations internationales menées par le département DIADE de l’IRD, partenaire du Projet Phoenix. Plusieurs thèses de doctorat sont ainsi en cours, dont vous trouverez ci-dessous une présentation classée par année de soutenance prévue. Elle est extraite du site web de l’Institut:<\/span><\/span><\/strong><\/div>\n
French<\/strong>: http:\/\/www.diade-research.fr\/<\/a><\/span><\/span><\/div>\n
English<\/strong>: http:\/\/www.diade-research.fr\/<\/a><\/span><\/span><\/div>\n
L’UMR DIADE de l’IRD vient par ailleurs de publier sur son site web le numéro 7 de sa news-letter.<\/span><\/span><\/strong><\/div>\n

{tab=THESES 2012}<\/span><\/span><\/span><\/p>\n

GROS-BALTHAZARD Muriel (*)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Sur les origines, l'histoire évolutive et biogéographique du palmier-dattier (Phoenix dactylifera L.) : l'apport de la génétique et de la morphométrie.<\/span><\/strong><\/span><\/span><\/div>\n
(*) Laboratoire : UMR 5059 Centre de Bio-Archéologie et d’Ecologie (Dir. Pr J.-F. Terral). Ecole Doctorale SIBAGHE (Systèmes Intégrés en Biologie, Agronomie, Géosciences, Hydrosciences, Environnement.) de l’Université de Montpellier 2.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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COMPTE RENDU<\/span><\/strong><\/span><\/span><\/div>\n
La soutenance de cette thèse s’est déroulée à l’Institut de botanique de Montpellier, le jeudi 20 décembre 2012. La thèse présentée porte sur l’histoire évolutive et biogéographique du palmier dattier (Phoenix dactylifera L.). Elle a pour propos d’éclairer les origines méconnues de la domestication de cette espèce, d’une importance majeure pour les civilisations d’Afrique du Nord et du Moyen-Orient. L’auteur a fait appel pour cela à une méthodologie originale, associant des analyses morphométriques et génétiques. Les données archéologiques attestent de la présence du palmier dattier dès la fin du 4ème millénaire avant notre ère, notamment sous la forme de graines. L’analyse morphométrique des contours de ces graines, menée avec la méthode des transformées elliptiques de Fourier, comparée à l’analyse génétique des individus correspondants à l’aide de marqueurs ADN de type microsatellites, a concerné un vaste échantillon de palmiers du genre Phoenix. Elle a mis en évidence une nette différenciation entre les individus sauvages et les individus cultivés. Réalisée à partir de séquences chloroplastiques, une analyse phylogénétique du genre Phoenix a par ailleurs permis d’identifier les parents proches du dattier.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
La combinaison de ces deux approches a conduit :<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
* à montrer que la domestication du palmier dattier a eu lieu dans deux foyers indépendants, situés en Afrique et au Moyen-Orient.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
* à proposer une caractérisation permettant d’identifier les populations de dattiers sauvages.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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JURY<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
J.-F. Terral, Professeur, Université Montpellier 2 (Directeur de thèse)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
J.-C. Pintaud, Chargé de recherche, IRD (Co-directeur de thèse)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
J.-D. Vigne, Directeur de recherche, CNRS (Rapporteur)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
G. Besnard, Chargé de recherche HDR, CNRS (Rapporteur)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
M. Tengberg, Maître de Conférences HDR, CNRS (Examinateur)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
J. Ronfort, Directrice de recherche, INRA (Examinateur)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
H. Joly, Directrice de recherche, CIRAD (Invité)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n<\/div>\n

{tab=THESES 2013}<\/span><\/span><\/span><\/p>\n

ABBAS NAQVI Summar (*)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Date palm diversity in Pakistan and its relationship with world dates germplsm – exploring the centre of origin of Phoenix dactylifera<\/em> L.<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
 (*) Directeurs de Thèse : Jean Christophe Pintaud et Iqrar A. Khan (Vice Chancellor, University of Agriculture Faisalabad-Pakistan)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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PRESENTATION<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Les dattes représentent la 3ème<\/sup> production fruitière du Pakistan après les agrumes et les mangues. Le Pakistan fait potentiellement partie du centre d’origine Moyen-Orientale de la domestication du dattier (Phoenix dactylifera<\/em> L.), mais l’origine et la diversité du pool génétique pakistanais n’ont jamais été étudiées. Dans le cadre de cette thèse, 170 échantillons de dattiers cultivés dont 75 variétés sont étudiés par une double approche de marquage moléculaire à l’aide de 18 marqueurs SSR et de morphométrie géométrique de la graine. Les données obtenues sont combinées à celles disponibles pour les autres pays phoenicicoles afin de positionner la diversité pakistanaise dans le contexte global. La variabilité chloroplastique est également étudié par le séquençage des locus psbZ-trnfM, rpoB, rpoC1, atpF intron et psbA-trnH. Ces locus ayant été choisis notamment d’après la comparaison des deux séquences complètes du chloroplaste du dattier disponibles (cv ‘Aseel’ du Pakistan et ‘Khalass’ d’Arabie).<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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CASTILLO Karina (*)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Étude de l'expression différentielle du transcriptome en relation avec la détermination du sexe chez le palmier dattier (Phoenix dactylifera<\/em> L.)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
(*) Encadrants : Frédérique Aberlenc et Alejandro Maass (Centre du Modélisation Mathématique, Université du Chili)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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PRESENTATION<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Le palmier dattier étant dioïque, les fleurs mâles et femelles sont portées par des individus différents. Sa reproduction par graines fournit une descendance dont seule la moitié des individus sont des femelles et produisent des fruits. Or, étant donné la longueur de la phase végétative de celui-ci, il est nécessaire d’attendre 6 à 8 ans l’induction des premières floraisons pour connaître le sexe des plants.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Connaître le sexe du palmier dès son plus jeune âge, permettrait aux agriculteurs de pouvoir sélectionner les pieds femelles et ainsi de limiter les coûts de plantation liés à la culture des pieds mâles improductifs. De manière égale, l’identification précoce du sexe ouvrirait de nouvelles perspectives pour mettre en œuvre des programmes d’amélioration génétique par croisements contrôlés.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
C'est pourquoi, comprendre les processus cellulaires et moléculaires qui contrôlent la détermination du sexe chez cette espèce est l'objectif de ce projet de thèse. Pour cela, nous ferons une analyse transcriptomique pour identifier les gènes exprimés pendant la floraison chez les deux sexes du palmier dattier, afin de construire les voies de signalisation impliquées dans le processus de différenciation sexuelle chez cette espèce. <\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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CHERIF Emira <\/strong>(*)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Indentification de marqueurs du sexe et évolution des chromosomes sexuels chez le palmier dattier<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
(*) Encadrants : Frédérique Aberlenc et Amel SALHI-HANNACHI, Salwa ZEHDI, LGMIB, Faculté des Sciences de Tunis<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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PRESENTATION<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
La stricte séparation des sexes est largement répandue dans le monde animal. En revanche, chez les plantes la dioécie est très rare. La différenciation et l'évolution des chromosomes sexuels est par conséquent un aspect important de l’étude des plantes dioïques, notamment chez le palmier dattier. Chez cette espèce, seules les femelles productrices de dattes présentent un intérêt agronomique. Cependant, il est impossible de déterminer le sexe des individus avant l'âge reproductif, et le mécanisme de détermination du sexe est toujours inconnu. Afin de caractériser des marqueurs précoces du sexe chez le palmier dattier nous avons mené une étude génétique à l’aide de marqueurs microsatellites en suivant une approche populationnelle. Cette approche a permis l’identification de trois loci liés au sexe qui génèrent des allèles males spécifiques permettant la discrimination du sexe à 100%. Ceci nous a permis également de confirmer l'existence d'un système chromosomique XY avec une région XY non-recombinante dans le génome du palmier dattier. De plus, une très faible diversité associée aux haplotypes Y est générée par ces loci, ce qui est cohérent avec une transmission paternelle clonale de la région non-recombinante mâle. Les résultats obtenus permettent d’établir le palmier dattier comme un modèle biologique possédant des chromosomes sexuels parmi les plus anciens rencontrés chez les angiospermes.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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MOUSSOUNI Souhila<\/strong> (*)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Structure de la diversité génétique nucléaire et chloroplastique du palmier dattier en Algérie<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
(*) Encadrants : Nadia Boughedoura et Jean-Christophe Pintaud <\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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PRESENTATION<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
L’Algérie possède une riche diversité phénicicole largement distribuée dans les régions subméditerranéenne et saharienne du pays. Un millier da variétés dattières sont recencées pour l’ensemble de l’Algérie. Cependant, ces variétés n’ont pas fait l’objet d’une évaluation systématique, en particulier au niveau génétique, très peu d’entre elles ont été étudiées jusqu’à présent (Deglet Nour, Thorry). Pour cette étude, un echantillonnage de 450 individus de Phoenix dactylifera<\/em> représentant 150 variétés provenant de 11 oasis de l’est, du centre et de l’ouest du pays a été constitué. Ce matériel est génotypé à l’aide de 18 marqueurs microsatellites nucléaires et de deux marqueurs chloroplastiques (un minisatellite et une SNP). La diversité génétique variétale et sa structuration géographique sont étudiées, et une clè de determination génétique des cultivars est réalisée à l’aide de 7 marqueurs. De plus, un ensemble de locus chloroplastiques est séquencé chez 12 variétés ayant le chlorotype dit oriental (originaire d’Asie) et 12 variétés ayant le chlorotype dit occidental (originaire d’Afrique) afin de caractériser la divergence entre ces deux génomes. <\/span><\/span><\/span><\/div>\n<\/div>\n

{tab=THESES 2014}<\/span><\/span><\/span><\/p>\n

CASTANO Felipe (*)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Différenciation sexuelle des palmiers : étude comparative des groupes dioïques et monoïques au sein de la tribu Chamaedoreeae<\/em><\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
(*) Encadrants et Co-responsables: James Tregear (en collaboration avec G. Galeano\/ X. Marquinez, UN Bogotá et F. Stauffer, CJB Genève)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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PRESENTATION<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Les palmiers constituent l'une des familles de plantes les plus importantes, d'un point de vue économique et humain, des pays tropicaux. La floraison des palmiers joue un rôle fondamental dans leurs adaptations écologiques mais aussi dans la productivité des exploitations agronomiques. Les palmiers produisent majoritairement des fleurs unisexuées mâles ou femelles. Les espèces monoïques produisent des fleurs mâles et femelles sur un même individu alors que les dioïques consistent en des plantes mâles et femelles distinctes. Dans ce projet, il est proposé d'étudier ce phénomène au sein du tribu Chamaedoreeae<\/em> présent principalement en Amérique Latine. Dans ce groupe, deux lignées dioïques, représentées par les genres Chamaedorea<\/em> et Wendlandiella<\/em>, ont évolué de manière indépendante à partir d'un ancêtre monoïque, représenté aujourd'hui par les genres Hyophorbe<\/em>, Gaussia<\/em> et Synechanthus<\/em> .<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Ce projet consistera en :<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
*Une étude comparative du développement floral de chaque lignée, en utilisant différentes techniques de microscopie disponibles.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
*Une recherche de gènes susceptibles d'intervenir dans le dimorphisme sexuel en profitant des ressources transcriptomiques disponibles à Montpellier<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
*Des études de la régulation spatiale de l'expression de ceux-ci afin d'obtenir de nouvelles connaissances sur l'évolution du dimorphisme sexuel<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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SALMA Mohammad (*)<\/span><\/strong><\/span><\/span><\/div>\n
Utilisation de la cryoconservation pour la conservation et la production de cultures <\/strong>in vitro<\/strong><\/em> de palmier dattier (<\/strong>Phoenix dactylifera<\/strong><\/em> ) Impact de la cryoconservation sur certains paramètres biologiques des cultures<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
(*) Encadrants : Florent Engelmann (équipe Dessitrop)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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PRESENTATION<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Ce projet de recherche a pour objectif d’améliorer notre compréhension de l’impact des étapes successives du protocole de cryoconservation utilisé sur la physiologie de cultures in vitro<\/em> de palmier dattier, en utilisant différentes approches. Le protocole de cryoconservation mis au point par nos collaborateurs tunisiens sur des masses proembryogènes servira de modèle expérimental pour cette étude. Nous sélectionnerons dans un premier temps des traitements conduisant à une survie élevée, intermédiaire ou faible\/nulle, donc des conditions bien maîtrisées et contrastées. En utilisant cet outil expérimental, nous étudierons l’impact des phases successives du protocole en utilisant différentes approches\/outils:<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
*Approche histo-cytologique : nous étudierons l’effet sur l’intégrité structurale des tissus de la déshydratation des explants avec les solutions cryoprotectrices utilisées (solution de loading, solution de vitrification, solution d’unloading) et de la congélation dans l’azote liquide en réalisant une étude histologique qualitative et quantitative. Nous observerons également l’effet de ces traitements sur la reprise de croissance des cultures. Nous utiliserons des techniques d’histologie classique, permettant une évaluation qualitative, mais aussi des techniques d’analyse d’images, qui permettront une évaluation quantitative de l’effet des traitements. Nous étudierons également la dynamique d’action des traitements avec des solutions cryoprotectrices, au niveau de l’explant entier et au niveau cellulaire, en utilisant la technique de microscopie en temps réel (RTM), qui n’a à ce jour été employée que sur un très petit nombre de modèles végétaux.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
*Approche moléculaire : deux aspects principaux seront abordés dans ce domaine. Nous étudierons l’expression des gènes au cours des différentes étapes du protocole de cryoconservation et au cours de la régénération de vitroplants en utilisant les techniques de transcriptomique. Nous mesurerons également leur effet sur l’intensité de méthylation de l’ADN.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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SI-DEHBI Farida<\/strong> (*)<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Etude de la variabilité génétique et phénotypique de quelques cultivars importants de palmier dattier en Algérie<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
(*) Encadrants : Nadia Boughedoura et Jean-Christophe Pintaud<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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PRESENTATION<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
En Algérie, la multiplication des cultivars se fait de façon clonale, par la séparation de rejets à partir des pieds mères. Ce mode de multiplication n’exclut pas toute variabilité génétique en raison de l’existence de mutations somatiques. La variation somaclonale naturelle des cultivars n’a jamais été étudiée (les études de ce type portent sur les cultures in vitro<\/em>). Quatre variétés ayant des comportements différents ont été choisies pour cette étude : Deglet Noor, la variété élite de culture industrielle chez qui on s’attend à ce que les variants somaclonaux soient éliminés en raison de l’exigence de stricte conformité au type standard ; Ghars, Mech Degla et Faggous, trois variétés de moindre importance chez lesquelles on suppose que la variation somaclonale n’est pas controlée. Les marqueurs moléculaires utilisés sont des SSR et ISSR. Outre la caractérisation génétique, la variation phénotypique des fruits et graines de dattes sera étudiée au moyen de méthodes morphométriques. On étudiera la variabilité intra-arbre intra- et inter-infructescence, et la variabilité inter-arbres, dans différentes conditions de culture et avec l’emploi de différents pollinisateurs afin de mettre en évidence un éventuel effet métaxénique. <\/span><\/span><\/span><\/div>\n

{tab=THESES 2015}<\/span><\/span><\/span><\/p>\n

GUERIN Chloé (*)<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Déterminisme moléculaire de la composition en acides gras de l'huile accumulée dans le fruit et la graine des <\/strong>Arecaceae<\/strong><\/em><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
(*) Encadrants : S. Dussert et F. Morcillo<\/span><\/span><\/span><\/div>\n
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PRESENTATION<\/strong><\/span><\/span><\/span><\/div>\n
Les matières grasses (MG) végétales jouent un rôle économique et social de tout premier plan au Nord comme au Sud. Bien que les usages alimentaires ou industriels (détergents, cosmétiques, biocarburants, etc) d'une MG soient principalement déterminés par sa composition en acides gras (AG), les mécanismes impliqués dans la variation considérable existante chez les plantes pour la composition en AG des lipides accumulés dans les graines et les fruits sont encore très mal connus. Les huiles extraites du mésocarpe et de la graine des palmiers cultivés (palmier à huile, cocotier, …) sont respectivement les principales sources d'acide palmitique et d'acide laurique. La demande industrielle mondiale pour des MG riches en ces deux AG connait une croissance spectaculaire. Néanmoins, il existe de très grandes différences au sein des palmiers pour la composition en AG des MG stockées dans le mésocarpe et la graine. Ce projet de thèse vise à identifier les déterminants moléculaires de cette variabilité interspécifique. Deux niveaux de diversité seront explorés. Au sein du genre Elaeis, il s'appuiera sur population d'hybrides rétro-croisés entre le palmier africain E. quineensis<\/em> et son cousin américain E. oleifera<\/em>. Dans un second temps, une centaine d'espèces de la grande famille des Arécacées sera étudiée. Dans les deux cas, une approche récente de la biologie des systèmes, l'analyse des réseaux de co-expression génique, sera utilisée après obtention des transcriptomes et des lipidomes des tissus étudiés au cours de leur développement.<\/span><\/span><\/span><\/div>\n

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