Citer cet article : CRP 2012. Description et caractérisation des palmiers du genre Phoenix: génétique. Chapitre 1/3: génotypage. Rédacteur Robert CASTELLANA. Statut: compte-rendu de recherches. Edition en ligne. Lien
- SOMMAIRE DU CHAPITRE
- 1. Echantillons observés
- 2. Marqueurs utilisés
- 3. Bibliographie
- 4. Tutoriels
Ill. Les 3 étapes de l’extraction du DNA: la lyse (avec des détergents), la déprotéination (avec des sels ou du phenol-chloroforme) et la précipitation du DNA par l’alcool (Takween 2007).
CHAPITRE 1/3. RECUEIL DE DONNÉES GENETIQUES. Les recherches présentées ici s’inscrivent dans le cadre de travaux similaires consacrés à la production de données génétiques et moléculaires, ainsi qu’à la mise en place de programmes d’amélioration génétique (comme la diffusion de données d’intérêt général, l’harmonisation des procédures, la comparaison des résultats, les synergies entre instituts de recherche, etc.).
- ECHANTILLON OBSERVE
L’échantillonnage actuel porte sur 150 échantillons de Phoenix analysés, représentant toutes les espèces sauf P. paludosa et P. andamanensis, et incluant 85 échantillons de P. dactylifera dont plus de 50 cultivars identifiés d’Europe, d’Afrique et d’Asie occidentale. Les premiers résultats concernent plus particulièrement:* Phoenix dactylifera. Les travaux en cours portent plus spécifiquement sur la diversité génétique de Phoenix dactylifera, dont la valeur économique représente un enjeu pour le développement.
*Phoenix canariensis. Les recherches consacrées aux palmiers ornementaux sont peu développées. Elles concernent à la fois les pays du Nord, en matière d’espaces verts, et ceux du Sud en matière de tourisme. Le palmier étudié principalement est Phoenix canariensis, du fait de son importance en terme de réalisations paysagères.
*L’hybridation dans le genre Phoenix. Les hybrides entre les diverses variétés de Phoenix font aussi l’objet d’études innovantes. Elles éclairent sous un nouvel angle les étapes de la spéciation qui ont conduit à la bio-diversité actuelle du genre Phoenix.
En savoir plus: PINTAUD JC. Analyse de marqueurs microsatellites dans le genre Phoenix. Link: PINTAUD J.C.
2. MARQUEURS UTILISES
La génétique a permis d’élaborer une classification dite phylogénétique des plantes. Elle se présente sous une forme similaire à un arbre généalogique, où chaque espèce prend place lors de son apparition. Les marqueurs moléculaires employés dans ce type de recherches sont appelés micro et mini-satellites. Ce sont des portions particulières de molécules d’ADN caractérisées par des répétitions d’un motif particulier composé d’une ou plusieurs des quatre bases (A, T, G, C) qui composent l’ADN. Lorsque le motif est court (1 à 6 paires de bases), on parle de microsatellites. Lorsque le motif est plus long (jusqu’à 150 pb), on parle de minisatellites. Ils sont communément utilisés pour la caractérisation génétique des plantes, des animaux ou encore pour réaliser des empreintes génétiques humaines. Un premier jeu de 16 locus de ce type a été élaboré spécifiquement pour le palmier dattier en 2004. Des marqueurs supplémentaires ont été développés depuis. Ces marqueurs sont condominants, c’est-à-dire qu’ils présentent deux allèles par individu à chaque locus, soit identiques (individu homozygote), soit différents (individu hétérozygote). Ces marqueurs sont extrêmement polymorphes, et leurs variations de composition et de fréquence alléliques permettent de caractériser finement la structure génétique des espèces. Ils ont plus particulièrement mis en évidence l’existence d’un ‘clade’ composé de 5 espèces affines: P. dactylifera, P. atlantica, P. canariensis, P. theophrasti et P. sylvestris.3. BIBLIOGRAPHIE
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4. TUTORIELS
Biotechnologies, Diversité génétique des espèces et Environnement. Le site (trilingue Français, Arabe, Anglais), de l’Equipe ‘Biochimie et Biotechnologies des Plantes’ de l’Université Cadi Ayyad (Marrakech, Maroc) rassemble de nombreux articles en rapport avec le développement des biotechnologies, aux gènes résidant dans la biodiversité et à la diversité génétique des espèces. Il présente notamment les biotechnologies classiques (culture des tissus, micropropagation…) et modernes basées sur l’ADN recombiné (produit du génie génétique), et leurs impacts positifs et négatifs sur l’environnement (pollution génique), la biodiversité et la diversité génétique. Une rubrique est consacrée exclusivement au palmier-dattier. On y trouve aussi un annuaire exhaustif des universités et instituts de recherche du Maghreb, avec des liens vers leurs sites, et de nombreux documents pédagogiques. ENTER
Takween 2007. DNA. Amplification par PCR
L’amplification du DNA par PCR comporte la preparation d’un melange reactionnel contenant, entre autre, le DNA, les amorces (primers) et la DNA polymerase. L’amplification par PCR exige la dénaturation du DNA, la fixation des amorces et l’élongation.
Takween 2008. Electrophorèse du DNA
Technique de separation du DNA sur gel d’Agarose (depot des echantillons, migration et revelation).
Takween 2007. Chromatographie sur papier des acides amines
Présentation de travaux pratiques sur les techniques de séparation et d’analyse en Biochimie.