Genetique

Phoenix DB
De par son ancienneté, et son importance dans les grands écosystèmes primaires, le palmier présente une forte valeur écologique. Il en va de même d'un point de vue économique et social: le palmier est en effet le pilier de l’agriculture dans de nombreux pays, dont certains font partie des plus pauvres de la planète. Les recherches menées par l'IRD (Institut de Recherche pour le Développement, Montpellier, France), ont conduit à l'élaboration d'une base de données intitulé Phoenix DB pour Phoenix Database dont voici une présentation provisoire :
PHOENIX DB propose une solution intégrée pour le génotypage du palmier dattier qui inclut trois composants majeurs.
*Le premier est la création "d'une clé d'identification" basée sur un nouvel ensemble de marqueurs microsatellite, validé sur un grand échantillonnage représentant la diversité génétique de l'espèce.
*Le deuxième est "une bibliothèque de référence", consistant en données de génotypage provenant d'une collection des 150 principaux cultivars de Phénix dactylifera.
*Le troisième composant est "PhoenixDB", un outil bioinformatique reposant sur une base de données qui stocke la bibliothèque de référence et les informations complémentaires relatives aux génotypes et aux locii de la clé d'identification.
Un programme d'identification permet la comparaison automatique entre les informations de l'utilisateur et la bibliothèque de référence. PhoenixDB est la première base de données publique qui centralise les données de génotypage de l'espèce Phoenix dactylifera et qui soit facilement accessible par la communauté scientifique grâce à son interface Web. Cet outil pourra se développer et des informations supplémentaires seront ajoutées la bibliothèque de référence pour améliorer la caractérisation et la conservation des ressources génétiques du palmier dattier.
Source 
CASTILLO Perez Karina, PINTAUD Jean-Christophe, TRANCHANT Christine, MOUGENOT Isabelle, ABERLENC-BERTOSSI Frédérique 2010. PHOENIX DB. A database for date palm identification based on SSR markers. Link : /www.listephoenix.com/
 
BIBLIO & LINKS
IRD 2012. Un plateau bioinformatique sur le centre IRD de Montpellier. In: Lettre d’information de l’UMR DIADE, Octobre 2012, n°6, 8p.
French & English : http://www.diade.ird.fr/

CASTILLO et alii, 2010. Phoenix DB, a database for Date Palm Genotype Identification based on SSR markers. In: IRD (Montpellier). Link :  PHOENIX DB 2010

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